第一章:
瓦魯朵拉陷落
有一天，國家煉金術師愛德和他的弟弟艾爾收到了一封來自羅伊上校的信。信上稱要塞城市“瓦魯朵拉”記憶體在著奇怪的石頭。那會是愛德和艾爾一直苦苦尋覓的“賢者之石”嗎？帶著疑問，愛德兄弟和機械師溫莉來到了“瓦魯朵拉”。
愛德他們來了沒多久，城市中突然出現了三座奇怪的方尖塔，接著城市又遭到了身份不明敵人的襲擊。大火、哭聲、叫聲充滿著全城。無辜的死者不僅其數。方尖塔的突現和城市的被襲是預謀，還是偶然？
國家煉金術師愛德和他的弟弟艾爾出現在了城內的一條大路上。二人好像顯得十分焦急。原來溫莉說她要去城裏的機械專賣店購物，可至今也沒有回來。現在城裏到處是敵人，危急四伏。所以必須儘快找到溫莉才行。
兩人終於在機械店的門前找到了溫莉，輕鬆擺平包圍溫莉的敵人後，他們眼前突然出現了一位神秘的少女。一個男子似乎想要綁架她。那男子非常強大，就連愛德也不是他的對手。最後那少女爆發了體內的神秘力量趕跑了那個男子。不過少女也筋疲力盡的昏了過去。
愛德三人把少女帶到了教會，那裏是相當比較安全的地方。神秘少女醒來後說她的名字叫索菲，來“瓦魯朵拉”是為了阻止魔女維爾莎的復活。如果維爾莎復活的話，那麼整個世界就將毀滅。還說維爾莎身邊有四個十分強大的神宮，剛才想要綁架她的就是其中之一。另外城市被襲也是四大神宮的計畫。總之，他們的最終目的是要讓維爾莎復活。
愛德雖然覺得索菲的一正版話好似童話一般，但看到索菲那認真的眼神，以及考慮到索菲目前的身體狀況。答應了代替索菲來完成阻止維爾莎復活的任務。維爾莎的復活需要吸收大量人類的靈魂，而方尖塔正是吸收靈魂的工具。因此必須儘快封印城市內的三個方尖塔。於是，索菲在愛德兄弟的身上烙上了“聖印”。它不但能夠封印方尖塔，更擁有和四大神宮抗衡能力。
ヴァルドラ�舅j通り
◇站在NPC前按□或○就可以對話。
◇調查地上的閃光點得到【回復𧡰（小）】。
入手道具：回復𧡰（小）
ヴァルドラ�腺陞羲延�
◇十字架是記錄點，同時也能完全恢復HP。
◇和HOTEL前的男子說話可以得到【不幸の神像】。
◇用L2＋○煉成壁，再利用石壁跳到卡車上得到【鉛のリング】。
入手道具：不幸の神像、鉛のリング
ヴァルドラ�腺悼羲延�
◇消滅所有刀兵。
◇□鍵普通攻擊、○鍵突起煉成、△鍵強攻擊。
入手道具：無
ヴァルドラ�腺畦羲延�
◇在特定的物體前按○可以將其煉成各種武器。而且少數物體可以二次煉成。
入手道具：回復𧡰（小）×２
ヴァルドラ�裔|パート通り
◇接近烈火後發生事件。一個小女孩被困在了大火之中。
◇艾爾能抵禦子彈、火焰和電擊。按SELECT鍵可以替換角色。
◇用艾爾接近女孩。對旁邊的壞消防栓進行煉成，撲滅大火。解救女孩後得到【キャンディ】。
◇R1可以切換同伴的行動（戰鬥/待機）
◇烈火後方的角落裏有只貓咪【たま】，不過要派艾爾去拿才行。
◇持續按住R1可以呼喚艾爾協助跳躍。（僅限愛德華）
入手道具：キャンディ、たま、鉛のピアス
ヴァルドラ�腺野羲延�
◇站在特定物體的煉成範圍內，按L1可以呼喚同伴來對該物體進行煉成。
入手道具：回復𧡰（小）、回復𧡰（小）、力の秘𧡰（小）
ヴァルドラ�腺揖羲延�
◇某些物體可以煉成可裝備的武器，在武器附近按△即可裝備。若要使同伴裝備的話就按R1。
入手道具：無。
ヴァルドラ�腺等羲延�
◇如大炮之類的大型武器，按△操縱，□攻擊，左搖杆控制方向。同樣，按R1就由同伴來操縱武器。
◇大炮之類的大型武器有彈藥的限制。不過有【リローダー】的話就可以對其補充彈藥。
入手道具：回復𧡰（小）、鉛のチョーカー、體力の秘𧡰、リローダー
ヴァルドラ�跦堻qり𠒣場
◇特殊攻擊（↑＋○X）、（↓＋○X）
入手道具：回復𧡰（小）、リローダー
ヴァルドラ�腺階羲延�
◇這裏的大刀兵很難纏，特性霸體。建議使用防守對擊。
◇按住R2鍵可以防禦。移動中按R2鍵可以進行回避。
◇在敵人出招的一瞬間按R2就能發動威力強大的防守對擊。
入手道具：鉛のバングル、リローダー
ヴァルドラ�葭騤藶薱qり
◇艾爾按L2＋○可以煉成石球，在敵人密集的地方使用再好不過了。
入手道具：回復𧡰（小）、リローダー
ヴァルドラ�腺極羲延�
◇和車子旁的老人說話得到【秘密の史書（１）】
◇和記錄點旁的女子說話得到【守りの秘𧡰（小）】
入手道具：攑金の秘𧡰、秘密の史書（１）、守りの秘𧡰（小）、回復𧡰（小）
ヴァルドラ�裔汎蒯饒晸~ル𠒣場
入手道具：無
◇當SP槽滿了後，同時按○△可發動必殺技。
◇第一章結束後，再次來到這裏的話，在門口能夠得到【金のピアス】
第二章:
冰之守護者
愛德兄弟於是往第一個方尖塔的所在地，倉庫進發了。在六號倉庫，和羅伊上校、阿姆斯壯中校一起來支援“瓦魯朵拉”的候克艾中尉正在和四大神宮之一的冰塵雷奧尼德對峙著。而這時候克艾中尉的精准槍法卻對雷奧尼德卻起不了任何作用。好在愛德兄弟能及時趕到，否則候克艾中尉的處境就危險了。 有“聖印”協助的愛德兄弟終於戰勝了四大神宮。吃了敗仗的雷奧尼德狼狽地離去。兩人來到倉庫的外面，用“聖印”封印了方尖塔。然後又把魔女復活的事情告訴了候克艾中尉。正當愛德準備去回教堂的時候，艾爾發現了一隻受傷的貓咪，於是把它帶回了教堂。 教堂裏索菲再次顯示了她的超能力，瞬間就把貓咪的傷給治好了。然後索菲談起了她父親和“聖印”的往事：
從前，索菲的父親維克多是維爾莎部族的一員。由於他極力對對維爾莎復活的計畫，所以帶著女兒索菲離開了部落，開始了四處遊蕩的生活。在這期間，索菲的父親維克多一直在研究如何阻止維爾莎復活的方法。幾年後研究終於有了結果，那就是“聖印”。為此父女二人都感到非常高興。直到有一天，一場大火燒毀了索菲的家，當然也包括她的父親維克多。這並不是偶然，因為身負叛徒罪名的父女二人從一開始就成了維爾莎部族追殺的對象。喪父的索菲於是繼承父親的遺願，繼續為阻止維爾莎的復活而努力著。
愛德他們聽了索菲的往事，也為索菲感到難過。因此把艾爾撿到的貓咪送個了索菲，希望貓咪能給她帶來少許快樂。
倉庫街�葡罌偽炵e
◇路障可以煉成吸塵器，吸塵器還可以再煉成【回復𧡰（小）】。
入手道具：回復𧡰（小）
倉庫街�腺偶僮飫w
◇地上有個箱子可以煉成彈簧，利用它可以拿到集裝箱上的道具。
入手道具：回復𧡰（小）、鉛のチョーカー、鉛のピアス、リローダー倉庫街��
第２區畫
◇這裏首次出現冰巫師，要儘量貼近他們。
入手道具：回復𧡰（小）
倉庫街�腺掘僮飫w
◇用愛德渡過沿牆的腳手架，到達對面的拉動開關，電梯啟動。再讓艾爾乘電梯到達對面。
◇電梯旁邊的集裝箱上有三個冰巫師很麻煩，建議用艾爾來對付他們。
入手道具：工事のヘルメット、體力の秘𧡰（小）、回復𧡰（小）
倉庫街�葡罌盒炵e
◇巨錘兵的攻擊力很強，沒有自信的話可以將路燈煉成大炮來攻擊。
入手道具：ロリーダー３號倉庫 ◇在這裏玩家會看見一堆箱子，用大炮攻擊的話可以得到【磨きオイル】 ◇用愛德從通風管道爬到對面，打開門，與艾爾匯合。入手道具：磨きオイル、攑金の秘𧡰（小）、回復𧡰（小）、ロリーダー倉庫街�葡罌陸炵e ◇這裏的敵人較多，比較殘酷的玩法是先煉成中央的吸塵器，再煉成大炮一陣猛轟。玩家一定注意道有個下水道入口，可以先不用下去。入手道具：回復𧡰（小）４號倉庫 ◇電梯的開關在鐵絲網的對面，看來得從別的地方去啟動電梯。入手道具：守りの秘𧡰（小）倉庫街�葡罌陸炵e ◇進入下水道。地下水路�舅J口入手道具：回復𧡰（小）地下水路�舅丰○� ◇爬上梯子跳到背後的平臺上，再渡過腳手架。下來後煉成梯子，這樣艾爾就能上來了。入手道具：回復𧡰（小）地下水路�艇X口入手道具：ロリーダー倉庫街�跦堣� ◇跟老人說話得到【秘密の史書（２）】。入手道具：秘密の史書（２）４號倉庫 ◇入口左邊箱子裏有貓咪【えるうっど】，不過得先在“３號倉庫”拿個手雷把箱子炸開才行。 ◇拉下開關啟動電梯。去回“４號倉庫”另一邊的電梯處。入手道具：えるうっど地下水路�舅J口 ◇消滅這裏的所有敵人後和橋上的男子說話，可以得到【𢲛のげた】入手道具：𢲛のげた４號倉庫 ◇乘上剛才啟動的電梯便可繼續前進。入手道具：ボディソープ、フラワーブローチ５號倉庫 ◇用艾爾渡過電擊區，利用彈簧跳上集裝箱，放下梯子和愛德匯合。入手道具：回復𧡰（小）、力の秘𧡰、ＨＯＴなカイロ倉庫街�董戽蚾炵e ◇調查中間的士兵可以得到【ドックタグ】。入手道具：ドックタグ６號倉庫 ◇按L2＋□長槍煉成。長槍的攻擊力較高速度也快，是種不錯的武器。 ◇建議裝備好【ＨＯＴなカイロ】，這樣可以防止被凍住。鐵桶可以煉成火把，對BOSS有特效，同時也能阻止BOSS自我恢復HP。 ◇再次前往第二章打BOSS的地方可以得到【決意の𢖾丸】 ◇今後就可以送各種禮物給索菲了。每送一樣都可以增加一點能力值。
瓦魯朵拉陷落
有一天，國家煉金術師愛德和他的弟弟艾爾收到了一封來自羅伊上校的信。信上稱要塞城市“瓦魯朵拉”記憶體在著奇怪的石頭。那會是愛德和艾爾一直苦苦尋覓的“賢者之石”嗎？帶著疑問，愛德兄弟和機械師溫莉來到了“瓦魯朵拉”。
愛德他們來了沒多久，城市中突然出現了三座奇怪的方尖塔，接著城市又遭到了身份不明敵人的襲擊。大火、哭聲、叫聲充滿著全城。無辜的死者不僅其數。方尖塔的突現和城市的被襲是預謀，還是偶然？
國家煉金術師愛德和他的弟弟艾爾出現在了城內的一條大路上。二人好像顯得十分焦急。原來溫莉說她要去城裏的機械專賣店購物，可至今也沒有回來。現在城裏到處是敵人，危急四伏。所以必須儘快找到溫莉才行。
兩人終於在機械店的門前找到了溫莉，輕鬆擺平包圍溫莉的敵人後，他們眼前突然出現了一位神秘的少女。一個男子似乎想要綁架她。那男子非常強大，就連愛德也不是他的對手。最後那少女爆發了體內的神秘力量趕跑了那個男子。不過少女也筋疲力盡的昏了過去。
愛德三人把少女帶到了教會，那裏是相當比較安全的地方。神秘少女醒來後說她的名字叫索菲，來“瓦魯朵拉”是為了阻止魔女維爾莎的復活。如果維爾莎復活的話，那麼整個世界就將毀滅。還說維爾莎身邊有四個十分強大的神宮，剛才想要綁架她的就是其中之一。另外城市被襲也是四大神宮的計畫。總之，他們的最終目的是要讓維爾莎復活。
愛德雖然覺得索菲的一正版話好似童話一般，但看到索菲那認真的眼神，以及考慮到索菲目前的身體狀況。答應了代替索菲來完成阻止維爾莎復活的任務。維爾莎的復活需要吸收大量人類的靈魂，而方尖塔正是吸收靈魂的工具。因此必須儘快封印城市內的三個方尖塔。於是，索菲在愛德兄弟的身上烙上了“聖印”。它不但能夠封印方尖塔，更擁有和四大神宮抗衡能力。
ヴァルドラ�舅j通り
◇站在NPC前按□或○就可以對話。
◇調查地上的閃光點得到【回復𧡰（小）】。
入手道具：回復𧡰（小）
ヴァルドラ�腺陞羲延�
◇十字架是記錄點，同時也能完全恢復HP。
◇和HOTEL前的男子說話可以得到【不幸の神像】。
◇用L2＋○煉成壁，再利用石壁跳到卡車上得到【鉛のリング】。
入手道具：不幸の神像、鉛のリング
ヴァルドラ�腺悼羲延�
◇消滅所有刀兵。
◇□鍵普通攻擊、○鍵突起煉成、△鍵強攻擊。
入手道具：無
ヴァルドラ�腺畦羲延�
◇在特定的物體前按○可以將其煉成各種武器。而且少數物體可以二次煉成。
入手道具：回復𧡰（小）×２
ヴァルドラ�裔|パート通り
◇接近烈火後發生事件。一個小女孩被困在了大火之中。
◇艾爾能抵禦子彈、火焰和電擊。按SELECT鍵可以替換角色。
◇用艾爾接近女孩。對旁邊的壞消防栓進行煉成，撲滅大火。解救女孩後得到【キャンディ】。
◇R1可以切換同伴的行動（戰鬥/待機）
◇烈火後方的角落裏有只貓咪【たま】，不過要派艾爾去拿才行。
◇持續按住R1可以呼喚艾爾協助跳躍。（僅限愛德華）
入手道具：キャンディ、たま、鉛のピアス
ヴァルドラ�腺野羲延�
◇站在特定物體的煉成範圍內，按L1可以呼喚同伴來對該物體進行煉成。
入手道具：回復𧡰（小）、回復𧡰（小）、力の秘𧡰（小）
ヴァルドラ�腺揖羲延�
◇某些物體可以煉成可裝備的武器，在武器附近按△即可裝備。若要使同伴裝備的話就按R1。
入手道具：無。
ヴァルドラ�腺等羲延�
◇如大炮之類的大型武器，按△操縱，□攻擊，左搖杆控制方向。同樣，按R1就由同伴來操縱武器。
◇大炮之類的大型武器有彈藥的限制。不過有【リローダー】的話就可以對其補充彈藥。
入手道具：回復𧡰（小）、鉛のチョーカー、體力の秘𧡰、リローダー
ヴァルドラ�跦堻qり𠒣場
◇特殊攻擊（↑＋○X）、（↓＋○X）
入手道具：回復𧡰（小）、リローダー
ヴァルドラ�腺階羲延�
◇這裏的大刀兵很難纏，特性霸體。建議使用防守對擊。
◇按住R2鍵可以防禦。移動中按R2鍵可以進行回避。
◇在敵人出招的一瞬間按R2就能發動威力強大的防守對擊。
入手道具：鉛のバングル、リローダー
ヴァルドラ�葭騤藶薱qり
◇艾爾按L2＋○可以煉成石球，在敵人密集的地方使用再好不過了。
入手道具：回復𧡰（小）、リローダー
ヴァルドラ�腺極羲延�
◇和車子旁的老人說話得到【秘密の史書（１）】
◇和記錄點旁的女子說話得到【守りの秘𧡰（小）】
入手道具：攑金の秘𧡰、秘密の史書（１）、守りの秘𧡰（小）、回復𧡰（小）
ヴァルドラ�裔汎蒯饒晸~ル𠒣場
入手道具：無
◇當SP槽滿了後，同時按○△可發動必殺技。
◇第一章結束後，再次來到這裏的話，在門口能夠得到【金のピアス】
第二章:
冰之守護者
愛德兄弟於是往第一個方尖塔的所在地，倉庫進發了。在六號倉庫，和羅伊上校、阿姆斯壯中校一起來支援“瓦魯朵拉”的候克艾中尉正在和四大神宮之一的冰塵雷奧尼德對峙著。而這時候克艾中尉的精准槍法卻對雷奧尼德卻起不了任何作用。好在愛德兄弟能及時趕到，否則候克艾中尉的處境就危險了。 有“聖印”協助的愛德兄弟終於戰勝了四大神宮。吃了敗仗的雷奧尼德狼狽地離去。兩人來到倉庫的外面，用“聖印”封印了方尖塔。然後又把魔女復活的事情告訴了候克艾中尉。正當愛德準備去回教堂的時候，艾爾發現了一隻受傷的貓咪，於是把它帶回了教堂。 教堂裏索菲再次顯示了她的超能力，瞬間就把貓咪的傷給治好了。然後索菲談起了她父親和“聖印”的往事：
從前，索菲的父親維克多是維爾莎部族的一員。由於他極力對對維爾莎復活的計畫，所以帶著女兒索菲離開了部落，開始了四處遊蕩的生活。在這期間，索菲的父親維克多一直在研究如何阻止維爾莎復活的方法。幾年後研究終於有了結果，那就是“聖印”。為此父女二人都感到非常高興。直到有一天，一場大火燒毀了索菲的家，當然也包括她的父親維克多。這並不是偶然，因為身負叛徒罪名的父女二人從一開始就成了維爾莎部族追殺的對象。喪父的索菲於是繼承父親的遺願，繼續為阻止維爾莎的復活而努力著。
愛德他們聽了索菲的往事，也為索菲感到難過。因此把艾爾撿到的貓咪送個了索菲，希望貓咪能給她帶來少許快樂。
倉庫街�葡罌偽炵e
◇路障可以煉成吸塵器，吸塵器還可以再煉成【回復𧡰（小）】。
入手道具：回復𧡰（小）
倉庫街�腺偶僮飫w
◇地上有個箱子可以煉成彈簧，利用它可以拿到集裝箱上的道具。
入手道具：回復𧡰（小）、鉛のチョーカー、鉛のピアス、リローダー倉庫街��
第２區畫
◇這裏首次出現冰巫師，要儘量貼近他們。
入手道具：回復𧡰（小）
倉庫街�腺掘僮飫w
◇用愛德渡過沿牆的腳手架，到達對面的拉動開關，電梯啟動。再讓艾爾乘電梯到達對面。
◇電梯旁邊的集裝箱上有三個冰巫師很麻煩，建議用艾爾來對付他們。
入手道具：工事のヘルメット、體力の秘𧡰（小）、回復𧡰（小）
倉庫街�葡罌盒炵e
◇巨錘兵的攻擊力很強，沒有自信的話可以將路燈煉成大炮來攻擊。
入手道具：ロリーダー３號倉庫 ◇在這裏玩家會看見一堆箱子，用大炮攻擊的話可以得到【磨きオイル】 ◇用愛德從通風管道爬到對面，打開門，與艾爾匯合。入手道具：磨きオイル、攑金の秘𧡰（小）、回復𧡰（小）、ロリーダー倉庫街�葡罌陸炵e ◇這裏的敵人較多，比較殘酷的玩法是先煉成中央的吸塵器，再煉成大炮一陣猛轟。玩家一定注意道有個下水道入口，可以先不用下去。入手道具：回復𧡰（小）４號倉庫 ◇電梯的開關在鐵絲網的對面，看來得從別的地方去啟動電梯。入手道具：守りの秘𧡰（小）倉庫街�葡罌陸炵e ◇進入下水道。地下水路�舅J口入手道具：回復𧡰（小）地下水路�舅丰○� ◇爬上梯子跳到背後的平臺上，再渡過腳手架。下來後煉成梯子，這樣艾爾就能上來了。入手道具：回復𧡰（小）地下水路�艇X口入手道具：ロリーダー倉庫街�跦堣� ◇跟老人說話得到【秘密の史書（２）】。入手道具：秘密の史書（２）４號倉庫 ◇入口左邊箱子裏有貓咪【えるうっど】，不過得先在“３號倉庫”拿個手雷把箱子炸開才行。 ◇拉下開關啟動電梯。去回“４號倉庫”另一邊的電梯處。入手道具：えるうっど地下水路�舅J口 ◇消滅這裏的所有敵人後和橋上的男子說話，可以得到【𢲛のげた】入手道具：𢲛のげた４號倉庫 ◇乘上剛才啟動的電梯便可繼續前進。入手道具：ボディソープ、フラワーブローチ５號倉庫 ◇用艾爾渡過電擊區，利用彈簧跳上集裝箱，放下梯子和愛德匯合。入手道具：回復𧡰（小）、力の秘𧡰、ＨＯＴなカイロ倉庫街�董戽蚾炵e ◇調查中間的士兵可以得到【ドックタグ】。入手道具：ドックタグ６號倉庫 ◇按L2＋□長槍煉成。長槍的攻擊力較高速度也快，是種不錯的武器。 ◇建議裝備好【ＨＯＴなカイロ】，這樣可以防止被凍住。鐵桶可以煉成火把，對BOSS有特效，同時也能阻止BOSS自我恢復HP。 ◇再次前往第二章打BOSS的地方可以得到【決意の𢖾丸】 ◇今後就可以送各種禮物給索菲了。每送一樣都可以增加一點能力值。